Dưới thời các tổ Pháp Loa - Huyền Quang, phật giáo Trúc Lâm phát triển toàn thịnh. Trúc Lâm phát triển thêm các trung tâm mới như Thanh Mai và Côn Sơn, các buổi sư giảng đạo ít thì có 500-600 người, nhiều có tới hơn nghìn người (Tam tổ thực lục 1995: 48, Thích Đức Thiện, Nguyễn Khắc Thuân 2011: 193). Các kinh sách do Phật Hoàng và Tuệ Trung Thượng Sĩ viết như Tuệ Trung thượng sĩ ngữ lục, Thiền Lâm thiết chủy ngữ lục, Thạch thất mị ngữ… được Tổ Pháp Loa cho truyền dạy trong cả nước. Chỉ riêng tổ Pháp Loa đã độ 15.000 tăng ni, hơn 3.000 học trò đắc pháp, 6 pháp sư hành pháp linh nhiệm (Tam tổ thực lục 1995: 54). Các học trò của tổ Pháp Loa rải ra khắp vùng Bắc Bộ đến tận Trung Bộ Việt Nam như Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh (Tam tổ thực lục 1995: 58). Giả Duy Khang (Trung Quốc) ước tính từ thời Pháp Loa trở đi, Phật giáo Trúc Lâm của Đại Việt có tới 30.000 tăng đồ là con số cực kỳ ấn tượng trong lịch sử Phật giáo Việt Nam. Niềm tin của con người vào sự diệu kỳ của Phật giáo Trúc Lâm là cực kỳ to lớn và tuyệt đối. Nho thần nổi tiếng thời Trần Lê Quát (1319-1386) đã nói rõ điều này: “… Trong từ Kinh thành, ngoài đến châu phủ cho tới thôn cùng ngõ hẻm, không mệnh lệnh mà người ta vẫn theo, không thề thốt mà người ta vẫn tin… Đạo Phật hưng thịnh rất dễ mà được rất mực tôn sùng” (ĐVSKTT 1998: 153).
Đây chính là thời kỳ mà Đại Việt chùa chiền cực kỳ hưng thịnh như Nho thần Trương Hán Siêu (?-1354) đã nói tới trong Khai Nghiêm tự bi ký năm 1339 ở Bắc Giang: “…Những nơi u nhã thanh kỳ trong nước, chùa chiền đã chiếm mất một nửa…” (Thích Đức Thiện, Đinh Khắc Thuân 2016: 128). Cũng tương tự, Nho thần Lê Quát cho biết vào thời này ở Đại Việt: “… Chỗ nào có người ở, tất có chùa Phật, bỏ rồi lại xây, hỏng rồi lại sửa, chuông trống lâu đài chiếm đến nửa phần so với dân cư” (ĐVSKTT 1998: 153).
Tại khu Di sản, trong thời kỳ Pháp Loa - Huyền Quang chùa tháp Trúc Lâm thời này được xây dựng dày đặc. Khảo cổ học đã phát hiện trên 30 di tích có dấu tích nghệ thuật thế kỷ 14. Chỉ riêng một khu vực am Ngoạ Vân đã có tới trên 10 di tích cùng thời. Xuất hiện các tháp lưu giữ xá lị Phật Hoàng có quy mô khá hoành tráng do nhà nước xâydựng như tháp Tổ Huệ Quang, tháp Phổ Minh, tháp Quỳnh Lâm, tháp Hiển Diệu…